Помимо модульных тестов, которые вы выполняете, вы также должны создавать интеграционные тесты, которые запускаются с реальной настройкой базы данных, как это встречается в производственном процессе.
Я не эксперт по EF, но с NHibernate, например, вы можете создатьконфигурация, которая указывает на экземпляр SQLite в памяти, в котором вы затем запускаете свои быстрые тесты (то есть во время цикла разработки, когда вы хотите пройти набор тестов как можно быстрее).Когда вы хотите запустить свои интеграционные тесты для реальной базы данных, вы просто изменяете конфигурацию NHibernate, чтобы она указала на реальную настройку базы данных, и снова запускаете те же тесты.
Было бы удивительно, если бы вы не смогли добиться чего-то подобного с EF.