Вы можете импортировать корневой сертификат StartCom и инструмента keytool (из JDK) в хранилище ключей Java (JKS), а затем установить хранилище ключей как «доверенное хранилище».
См. Раздел «Экспорт и импорт сертификатов» на:
http://java.sun.com/developer/technicalArticles/Security/secureinternet2/
Команды, упомянутые в этой статье:
Импортировать сертификат вrustcerts.jks:
keytool -import -keystore trustedcerts.jks -alias qusay -file server.crt
Запуск Java с использованием пользовательского хранилища tuststore:
java -Djavax.net.ssl.trustStore=trustedcerts.jks com.example.MyClass
В качестве альтернативы вы можете установить хранилище доверенных сертификатов во время выполнения:
System.setProperty("javax.net.ssl.trustStore","./trustedcerts.jks");