Предполагая, что ваши файлы являются просто text / xml, по умолчанию MSI будет замечать, что они не версионные и были изменены со времени последней установки, и поэтому они будут пропущены при обновлении. См. Логика замены файла MSI .
Теперь, если ваш файл конфигурации изменился между выпусками (добавить / удалить некоторые опции), вам нужно будет что-то сделать, чтобы обновить файл, сохранив ранее отредактированные значения. Это становится немного сложнее.
Взгляните на:
StackOverflow - Управление файлами конфигурации с помощью wix
Если это пользовательские настройки для приложения, я бы хотел согласиться с Робом Менчингом (главным парнем по WiX) в посте выше, что было бы лучше, чтобы приложение обрабатывало свою собственную конфигурацию и обновления для нее.
Однако это не работает, если это файл конфигурации для службы или что-то, что не должно записываться в его собственный файл конфигурации. Обычно вам приходится писать собственные действия для ручного управления этим сценарием. веселые времена. ;)