Если вы запустили java
или javaw
в своем .bat-файле, вам нужно сначала прекратить работу вашего пакетного файла:
Runtime.getRuntime().exec("taskkill /f /im jqs.exe") ;
Runtime.getRuntime().exec("taskkill /f /im javaw.exe") ;
Runtime.getRuntime().exec("taskkill /f /im java.exe") ;
И остановите cmd (при необходимости)
Runtime.getRuntime().exec("taskkill /f /im cmd.exe") ;
Надеюсь, это поможет!