Наконец-то у меня получилось так, как я хочу. Теперь я могу программно загружать пользовательские библиотеки в настройки рабочего пространства из файла "myuserlibs.userlibraries". Я использовал следующие классы плагинов Eclipse.
org.eclipse.jdt.internal.core.UserLibrary.class
org.eclipse.jdt.internal.core.UserLibraryManager.class
org.eclipse.jdt.internal.core.UserLibraryClasspathContainer.class
org.eclipse.jdt.internal.core.UserLibraryClasspathContainerInitializer.class
В этих классах есть множество методов для решения этой задачи.
После того, как они были загружены в настройки, я также могу программно добавлять необходимые записи в пользовательскую библиотеку в соответствующие проекты (созданные моим плагином). Потому что у меня в рабочей области около 8 веб-проектов, и для каждого из них требовался различный набор пользовательских библиотек в контейнере пути к классам.