Потому что ваше регулярное выражение соответствует каждому отдельному не альфа-символу. Это было бы как разделение
",,,,,,Hello,World"
на запятых.
Вам понадобится выражение, совпадающее с целой последовательностью не-буквенных символов, например:
line.split("[^a-zA-Z][^a-zA-Z]*")
Я все еще думаю, что вы получите одну ведущую пустую строку с вашим примером, так как это будет похоже на разделение ",Hello,World"
, если запятая была вашим разделителем.