Если вы получаете сообщение об ошибке:
DOMDocument::load(): Document is empty in Dictionary_user.xml, line: 1 in foo.php on line 10
Это означает, что он либо читает неправильный документ.Или документ просто пуст.
Чтобы добавить идентификатор, вам нужно вызвать setAttribute только на создаваемом вами узле.
$newWord = $doc->createElement('newWord');
$newWord->setAttribute('id','1');