Учитывая file1.xml:
<root>
<a></a>
<b></b>
<c></c>
</root>
и file2.xml:
<root>
<a></a>
<b></b>
<b></b>
<c></c>
<d></d>
</root>
Следующий код приведет к четырем окнам сообщений (для узлов a, b, b и c)
XDocument doc = XDocument.Load(System.IO.Path.GetFullPath("file1.xml"));
XDocument doc2 = XDocument.Load(System.IO.Path.GetFullPath("file2.xml"));
var matches = from a in doc.Element("root").Descendants()
join b in doc2.Element("root").Descendants() on a.Name equals b.Name
select new { First = a, Second = b };
foreach (var n in matches)
MessageBox.Show(n.First.ToString() + " matches " + n.Second.ToString());
Надеюсь, это поможет:)