Мы делаем это в режиме отладки - мы выводим все запросы в файл.Конечно, это не имеет смысла (и сильно сказывается на производительности) на рабочем сервере, но мы можем включить его и там, на короткий период отладки.
В любом случае - у mysql есть журнал запросов, который можно включить, он будет записывать все, что он делает.