Сериализованный объект = отдельный объект. И как только вы отправляете объект по проводам через WCF, это то, что у вас есть.
Таким образом, большая проблема заключается в том, что вы будете иметь дело с тем, когда при использовании NHibernate с WCF используются отдельные объекты, что заставляет вас писать свой код немного по-другому. Вы теряете кеширующие способности NHibernate и ленивые функции загрузки. Вы должны предварительно загрузить свои агрегаты, прежде чем отправлять их по проводам.
Конечно, это все спорно, если вы используете передачу данных объектов вместо этого, но так как вы упомянули ActiveRecord я предполагаю, что не был план.
Я могу быть далеко от базы здесь. Надеюсь, гуру ActiveRecord может дать больше деталей.