Это полностью зависит от типа преобразования, которое вы хотите сделать. Если ваше преобразование должно воздействовать только на определенные байт-коды одним методом и вставлять код до или после этого байт-кода, тогда API-интерфейс на основе событий очень прост в использовании.
API на основе дерева пригодится, когда вам нужна информация о других методах в классе или если вам нужно больше контекста вокруг байт-кода, который вы хотите изменить.
Редактировать: также возможно объединить оба подхода, сначала построить древовидную структуру и определить некоторую информацию о классе, а затем преобразовать этот узел дерева, используя API на основе событий.