Вероятно, самый простой способ обойти это - определить новый сервер.
Щелкните правой кнопкой мыши в окне «Серверы» и выберите «Создать», либо, когда вы запускаете «Запуск на сервере», выберите «Вручную определить новый сервер». У вас может быть несколько серверов, определенных с использованием одной и той же среды выполнения Tomcat (у них всех будут отдельные конфигурации и каталоги развертывания, определенные -Dcatalina.base = ...), но не запускайте их одновременно, если вы не измените порты, которые они слушаешь.
Новый сервер будет использовать путь как
<<yourEclipseWorkspace>>\.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp1
для каталога Tomcat Conf и веб-приложений.
Попробуйте запустить на этом сервере. Если это работает, вы можете сравнить настройки со старыми,
возможно, попытайтесь удалить приложение из него и повторно развернуть его, и выясните, что вы могли сделать, чтобы вызвать проблему. Или просто удалите исходную конфигурацию сервера.
Что касается вашей второй проблемы, я не уверен. Сначала я бы попробовал новую конфигурацию сервера, включил ее, остановил сервер, сделал «Очистку» в вашем проекте, удалил что-нибудь из каталога tmp1 \ work \ Catalina и перезапустил сервер (вы можете удалить и добавить свой проект к серверу снова, чтобы быть действительно чистым).
Проверьте сообщения консоли, чтобы убедиться, что не было ошибок, связанных с этим.