Вам нужно включить источники (или убедиться, что они включены), когда вы используете задачу отчета:
<cobertura-report format="html" destdir="${coveragereport.dir}" srcdir="${src.dir}" />
Ссылка: cobertura-anttask
В противном случае cobertura не может знать, сколько линий / классов действительно существует, и сообщит о 100% покрытии.