Ну, просто несколько указателей, потому что я не уверен, что полностью понимаю проблему. Вы, пользователь, получаете две загрузки одновременно, а затем запускаете команду diff для этих двух файлов? На сервере или клиенте я не уверен? У вас будет много проблем с автоматизацией версии на стороне клиента, потому что принуждение людей к запуску кода на стороне клиента обычно не одобряется антивирусным программным обеспечением.
Дифференциал на стороне сервера звучит для меня как момент CGI: http://www.cs.tut.fi/~jkorpela/perl/cgi.html. Это позволит вам сгенерировать веб-страницу, которая показывает разницу между ними. CGI позволяет запускать программы на вашем сервере и отображать их результаты на веб-странице; это простое объяснение.
Если это было не совсем то, что вы хотели, не стесняйтесь дать мне комментарий, и я постараюсь отредактировать, чтобы ответить правильно.