Я бы порекомендовал вам ознакомиться с командной строкой git, прежде чем приступать к использованию Git из Eclipse. Командная строка является основным интерфейсом git, и если вам не нравятся разные концепции, такие как index, push, pull, rebase и т. Д., То использование Git из Eclipse, вероятно, запутает вас еще больше.