Реляционные базы данных не будут лучшими для этого, если дерево очень глубокое. Я бы порекомендовал граф или базу данных объектов.
«Хранение комментариев»? Как те, которые следуют за блогами или статьями? Если это так, я бы сказал, что вы можете предположить, что они не будут такими глубокими. Десятиуровневое дерево комментариев было бы исключительным.
В этом случае достаточно простых реляционных отношений родитель / потомок с использованием внешних ключей:
CREATE TABLE IF NOT EXISTS article
(
article_id integer not null auto_increment,
comment_id integer,
primary key(article_id),
constraint fk_comment foreign key(comment_id) references article(article_id) on delete cascade on update cascade
);