Я не знаю о сторонних инструментах, но я всегда предпочитаю работать в Visual Studio, чем SharePoint Designer + UI. Если вы переименуете свои файлы * .wsp в файлы * .cab, вы можете получить развертываемое содержимое * .wsp и поместить их в одно решение, которое сгенерирует один файл * .wsp.
Кроме того, использование Visual Studio позволит вам делать другие полезные вещи, такие как автоматическое связывание ваших рабочих процессов с определенными именованными списками через Feature Receiver.