Возможно, Apple хранит кэш, например localStorage, в каталоге Caches или tmp для вашего приложения. Если это так, то такие данные уязвимы для автоматической переработки.
Согласно Марко из Instapaper известность:
До iOS 5 система никогда не удаляла содержимое Caches и tmp, поэтому они были безопасными местами для приложений, в которые можно было помещать данные, которые должны
всегда доступны, но могут быть загружены повторно, если пользователь сделал
полное восстановление или иным образом потерял все данные, и, следовательно, не должен
занимать место в резервных копиях и замедлять синхронизацию.
... Но в iOS 5 есть важное изменение: кэши и tmp - единственные две директории, которые не сохранены - «очищаются», когда
на устройстве мало места.
К сожалению, это означает, что вторая часть вашего вопроса - как хранить данные без синхронизации и без очистки между обновлениями - может быть сложной, если не невозможной, с помощью Phonegap.
Больше нет места для хранения файлов, резервное копирование которых не требуется
вверх (или не может быть по новой политике), но не должны быть удалены случайным образом.