Вам нужно установить его в самом значении, а не в подготовленной строке SQL оператора.
Итак, это должно быть сделано для соответствия префикса:
notes = notes
.replace("!", "!!")
.replace("%", "!%")
.replace("_", "!_")
.replace("[", "![");
PreparedStatement pstmt = con.prepareStatement(
"SELECT * FROM analysis WHERE notes LIKE ? ESCAPE '!'");
pstmt.setString(1, notes + "%");
или суффикс-совпадение:
pstmt.setString(1, "%" + notes);
или глобальное совпадение:
pstmt.setString(1, "%" + notes + "%");