Поскольку вся ваша разработка ориентирована не на аппаратную платформу, а на Dalvik (виртуальная машина), у вас не должно возникнуть проблем при разработке под Android на x86, так же как вы делаете это для мобильных устройств. Я предполагаю, что вы можете столкнуться с проблемами, когда решите заняться более сложными вещами, такими как использование NDK, поскольку там вы имеете дело с нативным кодом, но, вероятно, это не должно быть проблемой, если у вас есть опыт программирования на linux.