То, как вы сформулировали вопрос, звучит для меня так, будто вы выполняете разовую операцию на домашнем ПК. Я бы, вероятно, просто открыл новую базу данных в sqlite shell и прикрепил / вставил из / отсоединил каждую базу данных, как они показывают на этой ссылке.
Если вам нужно написать скрипт, эта ссылка содержит пример встраивания sqlite в сценарии оболочки, а этот показывает некоторые sql в пакетном файле dos. Более предпочтительно, чтобы вы могли кодировать его с помощью привязок sqlite вашего любимого языка, например Python's .