Открытое соединение из пула соединений не будет совместно использоваться всеми другими запросами / потоками, пока вы явно не закроете соединение. Так что не должно быть никаких проблем с транзакциями. Потенциально вы столкнетесь с проблемами только тогда, когда будете держать соединение открытым дольше, чем необходимо, или пропустите его за пределами блока метода, в котором оно было открыто. Пока вы придерживаетесь стандартной идиомы JDBC открытия и закрытия соединения (а также оператора и набора результатов) в кратчайшей возможной области в блоке try-finally, проблем не должно быть.
Прекрасно использовать один и тот же пул управляемых контейнеров соединений между различными веб-приложениями. Вам следует только убедиться, что имеется достаточно подключений, доступных для использования несколькими веб-приложениями. Например, вы можете немного увеличить размер пула.