Вы просто должны изучить новые способы ведения дел. Например, в описываемой вами ситуации (создание приложения для OS X и iOS с общим кодом) я поместил бы любой общий код в библиотеку / инфраструктуру, используемую обоими проектами, и создал бы рабочее пространство, содержащее все три проекта.
Потеря контроля, о которой вы говорите, компенсируется тем фактом, что все это можно настроить, не зная ничего о параметрах командной строки компилятора примерно за 10 минут.
Это другой способ мышления, и он может разочаровать, если вы знаете, как сделает это на другой платформе, но у обоих вариантов есть свои преимущества. Возможно, вам больше никогда не придется думать о процессе сборки!