Похоже, MyEclipse в некоторой степени строит ваш проект. Кажется, что он копирует то, что он считает ресурсами, в выходной каталог.
Выходной каталог не должен сохраняться в SVN, поэтому вы должны добавить его в качестве игнорируемого ресурса (щелкните правой кнопкой мыши выходную папку, перейдите в подменю Team и выберите «Добавить в svn: ignore»). Почему MyEclipse копирует папки .SVN в общий проект команды, неясно. Если вы не синхронизируете сервер SVN с MyEclipse, вам нужно добавить .SVN в качестве игнорируемого ресурса. В этом случае вы можете рассмотреть возможность установки плагина SVN, такого как subclipse или subversive.
И последнее. Поскольку он копирует исходные файлы Java в выходную папку, у вас может не быть исходной папки, настроенной для вашего проекта. Даже если вы не строите (или не собираете намеренно) с MyEclipse, убедитесь, что у вас есть исходная папка, заданная в свойствах пути сборки. Вы также можете проверить, что MyEclipse действительно не собирается автоматически (проверьте основной пункт меню «Проект-> Автоматически построить»).
Tony