Зачислили ли вы полный исходный код из Codeplex, как описано здесь ? Если вы хотите работать с исходным кодом (например, для разработки модуля), вы должны получить полный исходный код и не использовать готовый пакет, предназначенный для развертывания сервера.
Кроме того, я бы посоветовал вам прочитать эту статью о создании Orchard из исходного кода. Visual Web Developer 2010 Express должен работать идеально (поскольку Orchard может быть построен без VS).
Это нормально, что файл .proj не был распознан - это просто XML-файл MSBuild для автоматизации процесса сборки. Вы почти никогда не должны касаться их.