Это не должно происходить нормально.Но в качестве исправления вы могли бы использовать следующий запрос для сброса счетчика автоматического приращения к предыдущему последнему значению.
ALTER TABLE theTableInQuestion AUTO_INCREMENT=newalue , so that you could continue with t
, как обычно, установив newvalue = last autoincrementvalue +1