Когда вы находитесь в Java-приложении и используете его встроенный инструмент выбора файлов, как я могу просмотреть / получить доступ к скрытым элементам в каталоге LINUX
Вы должны попробовать
fileChooser.setFileHidingEnabled(false);
Я думаю, что это может быть полезно для вас:
http://download.oracle.com/javase/tutorial/uiswing/components/filechooser.html