На сайте maven есть очень хорошее руководство о том, как зашифровать пароли, хранящиеся в файлах POM, расположенных по адресу http://maven.apache.org/guides/mini/guide-encryption.html
Могут ли эти операции выполняться в eclipse с помощью плагина m2e, или я долженмои парни скачали maven, прежде чем они смогут создавать зашифрованные пароли и мастер-пароли?
м2e поставляется со встроенной установкой Maven.Из Eclipse (используя настройки запуска) вы можете запускать произвольные команды maven, в том числе связанные с шифрованием пароля.
Также см. этот связанный вопрос SO