Лучшим решением было бы использовать один файл MSI, который обрабатывает все версии IE.В любом случае, есть несколько инструментов создания настроек, которые поддерживают то, что вам нужно.
Если вам нужен бесплатный инструмент, вы можете попробовать WiX .У него крутая кривая обучения, но он выполняет свою работу.