Вы можете сделать что-то вроде этого:
var dc = new DataContext(AppSettings.GetConnectionString());
dc.Log = new System.IO.StreamWriter(@"C:\linq.log");
Затем просто убедитесь, что вы используете этот datacontext для получения ваших таблиц.Как только этот datacontext используется для доступа к базе данных, SQL будет выводиться в файл журнала.