Ну, во-первых, размещение JavaScript в внизу страницы приводит к лучшим результатам, но, отвечая на ваш вопрос: если у вас есть сценарии, которые относятся только к одной странице, вы могли бы сохраните этот скрипт под тем же именем, что и страница PHP (очевидно, с расширением .js), а затем вставьте имя файла в ссылку на скрипт. Возможно, я бы также добавил флаг, чтобы вы искали файл JS, только когда флаг установлен в true:
<?php
$usesJS = true;
$filename = "somerandomname";
if($usesJS){
echo( '<script src="/js/' . $filename . '.js"></script>' );
}
?>
Это напечатало бы что-то вроде <script src="/js/somerandomname.js"></script>
Другой вариант - создать файл включения для каждой страницы и кодировать теги сценария как обычно внутри включения, а затем ссылаться на включение. Я сделал что-то подобное для простого сайта, который я делал, когда на каждой странице были разные настройки jQuery, и только на одной требовался плагин.