Не проблема LINQ. Если они нужны для вашей схемы, используйте их. Если нет, не надо. В любом случае, LINQ отлично справится с вашей схемой.
Одна область, которую LINQ to SQL плохо обрабатывает, - это таблица сопоставлений столбцов и ключей, которые используются для связи многих со многими, но я бы не сказал, что это странно относится к категории, к которой относится ваш вопрос. Вы по-прежнему можете выполнять операции CRUD над таблицей сопоставления в LINQ, но LINQ не может выполнить отношение, представленное таблицей сопоставления «многие ко многим». (LINQ отлично работает с таблицами один к одному и один ко многим.)
Я не могу говорить ни о какой проблеме с Entity Framework, но, опять же, я был бы очень удивлен, если бы у EF были какие-либо проблемы с таблицами с несколькими столбцами / несколькими ключами.