Это внутренний механизм phpmyadmin для управления отношениями между таблицами.
Эта функция действительно полезна для таблиц MYISAM, которые не поддерживают внешние ключи и ограничения.
Определяя внутренние отношения в phpmyadmin, вы связываете таблицы, которые иначе не могут быть связаны. Эта информация хранится в специальной таблице phpmyadmin на вашем сервере MySQL (phpmyadmin.PMA_relation).
Однако это только внутреннее определение phpmyadmin, которое не влияет на сам MySQL (ограничения внешнего ключа или ссылочная целостность не применяются).
См. здесь для получения дополнительной информации.