JTable table = new JTable();
...
int row = ...
int column = ...
table.setValueAt("", row, column);
Это установит в любой ячейке пустую строку, а не флажок. Это также предполагает, что вы просто используете DefaultTableModel. Если вы делаете что-то другое, вам придется опубликовать некоторые фрагменты кода, чтобы кто-нибудь мог правильно ответить на этот вопрос.