Обычный способ (легко читаемый и понятный) - это добавить еще одно условие, чтобы игнорировать это правило, если URL начинается с /specialsubfolder
:
Options +FollowSymlinks
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^domain\.com [NC]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/specialsubfolder
RewriteRule .* http://www.domain.com%{REQUEST_URI} [R=301,L]
В качестве альтернативы, добавьте такое условие в соответствующий шаблон (большетрудно читать, но чуть быстрее):
Options +FollowSymlinks
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^domain\.com [NC]
RewriteRule ^(?!specialsubfolder).* http://www.domain.com%{REQUEST_URI} [R=301,L]
PS Вы можете добавить [NC]
флажки, если требуется регистр символов.