Я нашел другое решение, у зависимости Maven есть функция exclude, и я использую ее для удаления некоторых jar-файлов.
<dependencies>
<dependency>
<groupId>com.example</groupId>
<artifactId>ejb-project</artifactId>
<version>1.0-SNAPSHOT</version>
<type>ejb-client</type>
<exclusions>
<exclusion>
<groupId>sample.ProjectD</groupId>
<artifactId>Project-D</artifactId>
</exclusion>
</exclusions>
</dependency>
</dependencies>