Нет, это влияет только на сгенерированный код. Любая комбинация [s|u]int{32|64} использует кодировку «varint», поэтому размер обычно связан с величиной, по крайней мере, после того, как будет замечена разница в отрицательных числах. В частности, отрицательное число, которое не использует sint*, будет непропорционально большим (10 байт, IIRC), независимо от того, равно ли оно 32 или 64.