Если файл, как показывает ваш код, имеет набор файлов, каждый в одной строке, вы можете присвоить значение массиву следующим образом:
array=(`cat $1`)
После этого для обработки каждого элемента вы можете сделать что-то вроде:
for i in ${array[@]} ; do echo "file = $i" ; done