Большой, большой недостаток в том, что его абстракция скрывает «некрасивые части» JavaScript, что делает изучение JS намного сложнее. Это проблема, которая преследует сообщество JS. В итоге у вас есть дизайнеры / разработчики, которые могут делать простые ролловеры и слайд-шоу, но сталкиваются с большими проблемами, когда в игру вступают реальные манипуляции с DOM.
Другим недостатком является не только размер, но и аморфность jQuery. С каждым новым браузером (особенно Internet Explorer) за кулисами проделывается немало работы по расширению базы кода. Это было наиболее очевидно с IE8, в котором изрядное количество jQuery пришлось переписать, чтобы хотя бы соответствовать новейшей версии IE. В результате вы получаете огромную коллекцию методов и свойств (более 200 КБ, начиная с jQuery 1.5). Даже с широким набором опций для сжатия / кэширования файлов вы все равно будете испытывать приличное количество времени загрузки (несколько секунд при хорошем соединении).
Один из таких вариантов - через сеть распространения контента Google (CDN). Он может кешировать jQuery для вас и привести к более быстрому времени загрузки. Однако теперь вы полагаетесь на два источника, чтобы работать безупречно. Недавно Google выпустил одну из новых (> = 1.5) версий jQuery. Это привело к некоторой несовместимости на несколько часов и создало проблемы для jQueryUI и различных плагинов. Как я уже говорил ранее, вы полагаетесь на два источника, чтобы всегда работать. Сохранение собственной локализованной версии может снизить этот риск.
Я думаю, что при правильном планировании и использовании это может быть благом для большинства проектов. Тем не менее, я подчеркиваю, что необходимо использовать правильное планирование. Сначала спросите себя (или свою команду), действительно ли для вашего проекта требуются броские тени и псевдо-подростки. Это те вещи, которые должны быть добавлены последними, чтобы максимизировать эффективность.
Это те проблемы, которые у меня сейчас возникают. Надеюсь, это поможет вам в будущем.