Я не знаю, если это ваш случай или нет, но у меня был такой же опыт, но моей проблемой было открытие диспетчера задач моего собственного компьютера вместо удаленного.Вы открываете диспетчер задач с помощью вызова taskman.exe из командной строки удаленного компьютера?
другой вариант: Вы выходите из системы при отключении?Если ваша программа не является службой, она будет закрыта при выходе из системы.