Это зависит от того уровня абстракции, который вы хотите.Все файлы, созданные приложением, на каком-то уровне доступны для окон, однако вы можете маскировать содержимое этих файлов (т.е. шифровать их).
Вообще говоря, вы все равно можете хранить файлы в папке, иприменить шифрование.Вот статья msdn по этому вопросу.Другая проблема заключается в том, где вы храните ключ, используемый для шифрования.
Простым решением является жесткое кодирование ключа в некоторой переменной.Однако, если сборка декомпилирована, ключ станет очевидным.С другой стороны, если вы хотите, чтобы пользователь, создавший файлы для начала, был единственным, кто получил доступ к файлам, вы можете использовать Data Protection API .