Как только DOCTYPE определит, использовать ли режим причуд (например, IE5.5) или режим немного более стандартных (собственный IE7), DOCTYPE больше не будет интересен для браузера.
Кажется, что IE7 (по крайней мере) затем вставляет doctype в DOM, как если бы это был комментарий.
Это просто способ работы браузера. Если вы не используете JavaScript в DOM, это вряд ли повлияет на работу страницы.