Раньше я никогда не использовал require.js, но что-то бросилось в глаза - откуда на стороне клиента require.js узнает, что нужно получить каждый файл * .js в вашем каталоге?
Глядя на документацию, похоже, что require.js автоматически загружает "main.js", если вы указываете пакет. Таким образом, он будет искать http://127.0.0.1/~myName/myPublic/js/lib/main.js. Кроме того, согласно вашей конфигурации, он может дополнительно искать http://127.0.0.1/~myName/myPublic/js/lib/lib.js
Если вы действительно хотите посмотреть, как это работает, попробуйте установить анализатор пакетов, например wireshark или charles. Посмотрите, какие запросы клиент (браузер) делает для поиска файлов javascript.
К сожалению, я не знаю, как исправить ваш конфиг - документация для require.js для пакетов, похоже, неверна, или я просто не правильно ее выполняю.