GroovyWS извлекает inn CXF, который снова получает множество зависимостей, некоторые из которых конфликтуют с классами, уже присутствующими в Java 6. Вам необходимо исключить все эти зависимости, если вы используете Java 6, чтобы избежать ошибок, подобных той, о которой вы упоминали.
Вот мой список исключений:
compile("org.codehaus.groovy.modules:groovyws:0.5.2") {
excludes 'geronimo-servlet_2.5_spec', 'servlet-api', 'jaxb-xjc', 'jaxb-impl', 'xml-apis', 'saaj-impl', 'junit', 'slf4j-jdk14', 'xmlParserAPIs', 'jaxb-api', 'saaj-api', 'xmlbeans', 'jaxen', 'geronimo-stax-api_1.0_spec', 'geronimo-activation_1.0.2_spec', 'abdera-client', 'geronimo-activation_1.1_spec'
}
Обратите внимание, что в Ubuntu вам нужны jaxb-xjc и jaxb-impl, не знаю почему.