Завершение SQL-кода отлично работает для меня, с новой установкой Netbeans 7.1 с плагином PHP на Ubuntu 11.10 против MySql 5.1.
Как только я настроил соединение, я смог использовать завершение кодакак в файлах .sql, так и в переменных в коде PHP (начните строку с "SELECT, а затем нажмите ctrl + пробел ).
Я предлагаю запускать Netbeans с clean userdir , чтобы увидеть, решит ли это вашу проблему.