Клиентские технологии, для которых требуется GUI (Swing, JavaFX или даже JS + HTML / DOM), не работают на серверах, потому что на серверах нет экранов для отображения GUI.
JavaFX - этоклиентская технология: например, она запускается как приложение для настольного компьютера или как апплет в вашем браузере.
Поддержка сервера ограничивается общением с серверами посредством какого-либо RPC и, в случае апплета, размещением на сервере дляпользователи для скачивания.GAE может выполнять обе функции (зависит от типа RPC).