Как уже упоминалось в других ответах, к этому следует подходить вручную, потому что вы можете захотеть изменить другие вещи по мере продвижения, чтобы сделать базу кода более чистой.
Возможно, фактический вызов уже излишен, или аналогичные фрагменты могут быть объединены.
Кроме того, на практике люди обычно немного изменяют скопированный код, поэтому часто не будут прямые дубликаты, а будут закрываться варианты. Боюсь, что автоматическое обнаружение c & p в большинстве случаев вас там не даст.
Существуют, однако, инструменты рефакторинга, которые могут помочь вам с острым выполнением изменений (а иногда и с поиском вероятных кандидатов). Google для "php refactoring", есть довольно много доступных инструментов, как автономных, так и в составе IDE.