90 Мб памяти для формата 1-2 Мб в формате JPEG кажется странным. Я не видел ваш код, но, возможно, вы открываете файл несколько раз для каждого экземпляра размера? Попробуйте открыть файл один раз, (измените его размер, сохраните его) X 4, затем закройте его.
В настоящее время у меня есть сайт, на котором пользователи загружают изображения и не сталкиваются с ошибкой, мои настройки составляют 16 МБ для сценариев PHP и предел загрузки файлов 2 МБ, и я использую эту библиотеку вместо груши
пример кода
$image
->open('uploaded.jpg')
->resize(500, 500)
->save('large.jpg')
->resize(100, 100)
->save('medium.jpg')
->resize(25, 25)
->save('small.jpg')
->close();