Я думаю, я не получил то, что вы хотите.
Если вы хотите зашифрованный туннель в вашем приложении, вы должны использовать https
Если вы хотите написать программу на javascript, которая шифрует файл на вашем сервере на стороне клиента, самое большее, что вы можете сделать, это получить содержимое этого файла с помощью ajax, encrypt (to text) и отправить обратно.