Для этого необходим Javascript.Если у вас есть верхний колонтитул и высота нижнего колонтитула, а середина должна иметь высоту 100%, результатом будет полная высота страницы + высота верхнего колонтитула + высота нижнего колонтитула.Таким образом, вы получите полосы прокрутки для просмотра всей страницы.Если вы хотите, чтобы все помещалось в одном и том же окне, вам нужно использовать javascript, чтобы определить, сколько осталось среднего пространства, и соответственно назначить высоту.
Чтобы определить среднюю высоту с помощью jQuery, вы можете сделать
var one = $('#one').height(),
three = $('#three').height(),
two = parseInt($(window).height() - three - one);
alert(two);
Это даст вам высоту, оставленную для средней части, которая составляет <div id="two">
в вашем случае.
См. Код jQuery в действии по адресу http://jsfiddle.net/Ppw5y/. Обратите внимание, что при расширении окна и повторном запуске кода у вас будет другая высота содержимого.